Nochmal zu dem Tanken im Ausland:
Wenn du im Inland irgendwo tankst und deinem deutschen Vercharterer die Rechnung für die Erstattung beim Nasscharter einreichst, bekommst du eine Rechnung mit ausgewiesener deutscher Umsatzsteuer, mit der Adresse deines Vercharterers drauf. Er erstattet dir die Rechnung (Nettobetrag + Umsatzsteuer) und bekommt dann vom Finanzamt die Umsatzsteuer (die heißt dann Vorsteuer) wieder erstattet (aber nur wenn die Adresse stimmt, darum musst du immer gucken, dass die Rechnung rictig ausgestellt ist). Bei der Abrechnung der Flugstunde an dich, muss er deutsche Umsatzsteuer ausweisen, die du als Privatmensch bezahlst, der Vercharterer muss die USt. aber an das FA abführen. Damit sind USt. und VSt für ihn eine Art durchlaufende Posten: Die, die Du zahlst, muss er weitergeben, die die er an die Tankstelle zahlt bekommt er wieder. Wenn er aber an dich teurer verkauft als einkauft, gibt es eine Differenz aus Umsatzsteuer und erstatteter Vorsteuer, die für den Vercharterer futsch ist. Er versteuert also seine Wertschöpfung (das Schaffen von Mehrwert), das ist die umgangssprachliche Mehrwertsteuer.
Wenn Du aber nun im Ausland tankst, z.B. in Österreich mit 20% USt, bezahlst du Sprit + USt., aber dein Vercharterer kann die Vorsteuer seiner Eingangsrechnung nicht zurückerstattet bekommen, weil die ja an den österreichischen Staat und nicht an den deutschen geht. Dieselbe Spritrechnung ist dadurch für deinen Vercharterer um 20% teurer als in D. Die Umsatzsteuer, die du ihm bezahlst muss er aber trotzdem abführen, weil er dir das Flugzeug in D übergeben hat. Also zahlt er bei Auslandsbetankung die Höhe der ausländischen USt. drauf. Dass er die Erstattung der Rechnung verweigert, verstehe ich nicht, er müsste dir bei der Erstattung halt nur die doppelt bezahlte USt. abziehen.
Der richtige Weg wäre, wenn Du im Ausland ohne USt. einkaufst und der Vercharterer im sogenannten Reverse-Charge-Verfahren die Umsatzsteuer auf die Tankrechnung in D bezahlt und gleichzeitig als Vorsteuer erstattet bekommt (finanziell wieder die Null-Nummer, nur wegen der Statistik muss er USt. und VSt. dem FA melden). Problem ist, dass dir die Tankstelle im Ausland vermutlich nicht die Rechnung netto im Reverse-Charge-Verfahren ausstellt, denn dazu müsste sie offiziell die Umsatzsteuer-ID deines Vercharterers auf Richtigkeit prüfen. Somit bleibst du bei den meisten Auslandsbetankungen auf der USt. sitzen. Ein Trockencharter würde das Problem lösen (ist ja für Vercharterer und Kunden generell fairer und transparenter), erfordert aber definierte Tankstände beim Zurückgeben.
So viel mal zu der von dir angesprochenen USt. Problematik beim Tanken. Bei den Airlines ist das beim Tanken kein Thema, bei bestehenden Beziehungen zu Airports oder Sprit-Providern ist Reverse-Charge problemlos. Bei den Airlines kommen noch zwei Themen dazu: Mineralölsteuer (im gewerblichen Transport wird sie idR nicht berechnet) und die von Jirka angesprochene USt. auf die Transportleistung (wird in D für den deutschen Anteil des Legs nicht erhoben, für definierte Operator (Liste vom FA)). Also nicht die beteiligten Steuern verwechseln.
HTH
edit: der Vercharterer könnte sich auch bei einer Brutto-Rechnung aus dem Ausland sich die Steuer irgendwie wieder holen, den Aufwand wird er sich aber nicht antun.