Vorab: Ich bin keiner Steuerexperte, nur "Anwender" verschiedener Modelle, früher als Angestellter, heute als freiberuflicher Berater und nicht-angestellter Geschäftsführer.
Die "sicherste" Lösung wäre aus meiner Sicht die (teilweise) Umstellung auf eine freiberufliche Tätigkeit. Man vereinbart mit seinem Auftraggeber eine (entfernungsabhängige) Pauschale für die Reisekosten, unabhängig vom Transportmittel. Die tatsächlichen Flugkosten, selbst wenn diese höher als die Reisekostenpauschale sind, sind dann in voller Höhe Betriebsausgaben in der freiberuflichen Tätigkeit und im Rahmen der Überschussrechnung voll abzugsfähig von den Einnahmen. Grundsätzlich sollten (langfristig) in der freiberuflichen Tätigkeit aber die Einnahmen auch höher sein, als alle damit abgerechneten Kosten. Also einfach so ein Gewerbe anmelden und dann nur Kosten zu produzieren, geht nicht lange gut. Es muss eine Gewinnerzielungsabsicht belegbar sein.
Wenn man als Angestellter Flugkosten absetzen will, muss es über das Unternehmen laufen. Es müssen in irgendeiner Form Betriebskosten werden. Eine "vernünftige" Firma wird eine Verbesserung bei der Reisetätigkeit sicherlich nicht ablehnen. Ob sie aber z.B. bei einer kürzeren Reisezeit deutlich höhere Kosten akzeptiert, hängt auch ab von der internen Betrachtung der Reisezeit als Arbeitszeit und der Notwendigkeit eine bestimmte Zeitspanne vor Ort zu verbringen. Das wird nicht immer einfach werden und ist wahrscheinlich jedesmal eine Einzelfalldiskussion.
Das private Werbungskosten-Modell ist sehr brüchig und wird - meiner Meinung nach - am Ende bestenfalls auf das Niveau von "normalen" Reisekosten hinauslaufen. Dann könnte man auch einfach - wie von Alexander geschrieben - gegenüber der Firma die Fahrtkosten mit dem PKW geltend machen und dann selbst fliegen.
Man sollte aber nicht nur auf den Steuer- und Kostenaspekt achten. Trotz ausreichender Erfahrung bin ich beim Fliegen immer zu 100% in meiner Aufmerksamkeit gefordert bzw. kann in der Luft eigentlich nichts erledigen. Ich komme also weniger ausgeruht an und kann z.B. während der Autofahrt nicht noch nebenher telefonieren, um die Zeit dienstlich zu nutzen. Verschlechtert sich das Wetter oder geht etwas am Flugzeug kaputt, bin ich deutlich stärker "gefangen" als mit anderen Verkehrsmitteln. Thema Versichungsschutz: Wie sieht es z.B. bei Unfall-/Invaliditäts-Versicherung mit den Bedingungen aus, wenn die Reise mit dem Flugzeug keinen privaten Charakter mehr hat, sondern einen dienstlichen. Bin ich für die Dienstreise mit dem eigenen Flugzeug noch über das Unternehmen versichert?
My 2 Cents,
Michael
Edit - P.S. Das sollte kein Plädoyer gegen das Flugzeug als Reisemittel sein! Ich nutze es auch dafür. Ich denke nur, dass es ohne eine Mitwirkung des Unternehmens, für das man die Reise macht, nicht wirklich zielführend ist. Es muss - unabhängig von einer Kostenregelung - akzeptiert sein, dass man das Flugzeug dafür nutzt. Alles andere wird einem wahrscheinlich früher oder später auf die Füße fallen.