Die zitierte EU-Verordnung regelt ausschliesslich die luftrechliche Einordnung im Sinne der Betriebsanforderungen und damit auch der Lizenzanforderungen.

Genau genommen sagt die Verordnung ja nicht mal, dass Kostenteilungsflüge keine komerziellen Flüge sind - im Gegenteil sagt sie, dass es zwar komerzielle Flüge sein können, aber als Ausnahme nicht nach part CAT durchgeführt werden müssen. Das kann schon für den Flugzeugbetreiber relevant sein, in dessen Versicherungspolice komerzielle Flüge (und nicht nur Flüge nach Part CAT) ausgeschlossen sind.

Für alle anderen Fragen, insbesondere solche steuerlicher Natur (z.B. MwSt-Pflicht) aber auch der schon erwähnten Gemeinnützigkeit, ist diese EU-Verordnung irrelevant und es gelten andere Kriterien der Gewerbsmäßigkeit.