es ist leider in der Tat so:

Ist es etwa so, dass ein Fluplan gar nicht bearbeitet wird, wenn der nicht konform ist? Das heisst, es ist keine clearance in System, wenn man das nicht korrekt filed?

genau so ist es

Gibt es Firmen, die so was fuer einen erledigen?
Die business Fliegei in Deutschland ist doch auch damit konfrontiert immer neue Routen zu fliegen.

die gibt es, und die erledigen das i. d. R. auch. Jedoch sollte eine System wie "RR" (im Ansatz sicher vergleichbar mit der Idee, die hinter flightplan.com steht) genau diese Dienstleistung ersetzen.

Wie schon beschrieben: in Europa (genauer: im EUROCONTROL Luftraum unter der "Central Flow Management Unit (CFMU)") wird der Flugplan nach verschiedensten Kriterien validiert:

• Nutzbarkeit im Höhenband nach Uhrzeit, Wochentag, oder vielleicht auch Schuhgröße des Piloten
• EVEN-ODD (Semicircular)
• beflogene ATC-Sektoren und deren Kapazitäten (da kann ein Sektor, den man praktisch gar nicht kratzt den ganzen FLP durcheinander bringen)
• nicht zuletzt aufgrund der ausufernden Waypoint- und Routenüberlagerung in Deutschland/Europa.
• und und und

Zudem die im CFMU-Computer hinterlegten Verfahren bzw. der entsprechende Algorithmus offenbar mit den Flugregelwechseln VFR-IFR oder IFR-VFR und den entsprechenden Fixes dabei schwer klarkommt.

Die Dimension dieser "Regulierung" wird am folgenden Beispiel sichtbar: Ich durfte vor einiger Zeit als Crewmember auf einem längeren Flug miterleben, dass die Anzahl der Waypoints im Routing vom Startflugplatz in Deutschland bis zur Grenze des CFMU-Luftraums (Türkei, 1500 NM) deutlich größer war, als die Anzahl der Waypoints auf dem restlichen Weg (mehr als 4500 NM) bis nach FACT (das Du ja sicher kennst ;-)