Die DFS schreibt in dem von Ihnen zitierten Informationsblatt weiter:

Des Weiteren möchten wir auf die AIP verweisen, hier ENR 5.1 Sperr-, Be-
schränkungs- und Gefahrengebiete. In diesem Kapitel ist explizit beschrieben,
dass Gebiete mit Flugbeschränkungen nicht durchflogen werden dürfen, es sei
denn, eine oder mehrere der dort genannten Bedingungen sind erfüllt. Unter an-
derem ist ein Durchflug nur dann möglich, wenn die zuständige Flugverkehrskon-
trollstelle den Durchflug im Einzelfall genehmigt hat (1.1.c))

Selbst wenn der Pilot also "falsch geplant" hat - in dem Moment, wo er vom Tower-Lotsen hört: "cleared to destination XXXX via flight-planned route...", dann hat er diese Einzelfall-Genehmigung der zuständigen Flugverkehrskontrollstelle ja erhalten. Wenn ich mich auf eine solche ATC-Freigabe nicht mehr verlassen kann und für deren Befolgung bestraft werde, wäre das in der Konsequenz das Ende jeglichen IFR-Verkehrs in den Luftraum-Klassen A bis E.

Sie haben es ja eingesehen und jetzt ist alles gut :-)

Aber auf "cleared to destination via flight planned route" kann man sich nicht verlassen, das funktioniert im internationalen Verkehr nicht. Die Route wird nicht komplett von allen Stellen geprüft, vor allem nicht wenn man relativ kurzfristig den Flugplan aufgibt.

Die Clearance ist ja nur wichtig im Falle eines Funkausfalls, damit beide Seiten wissen, was geschehen wird. In so einem Notfall würden dann ggf. Beschränkungsgebiete freigeräumt.