"... bis etwa zum Scharmützelsee und ab dort weiteres Steigen und Ausflug aus C gegen 12:31 UTC in 4100 ASL."

Das wird der entscheidende Punkt gewesen sein.
Schau Dir Deinen GPS Track dazu nochmals genau an, wenn Du den mit Höhe dazu hast. Eventuell auch flightaware oder FR24 als Anhaltspunkt. Basierend auf Deinen Erkenntnissen hierzu würde ich dann denen entweder schreiben, wie hoch Du über dem Scharmützelsee wirklich warst, oder eben keine weiteren Scharmützel beginnen, wenn Du da wirklich 4,000 ft hattest.

Da stimme ich dir zu: Hier scheint nach erster Kommunikation mit der Behörde der Hase im Pfeffer zu liegen. Bzgl. meines Steigfluges hinter dem Scharmützelsee gibt es Diskrepanzen. Im Schreiben steht, dass ich um 12:31 in 4100 ft ausgeflogen bin. Laut meinem Tracker und auch FlightAware (ich behauptete nicht, dass mein Tracker oder mein Altimeter noch FlightAware eine verlässliche Quelle sind) hatte ich um 12:31 noch nicht einmal den Steigflug von 3400 auf 4100 begonnen. Ich stehe in Kommunikation mit der Behörde und werde nach den sachdienlichen Hinweisen in diesem Forum schon aus Dank berichten.

Es ist sicher besser, jetzt schon eine Einlassung zur Sache abzugeben, damit es ggf. erst gar keinen Bußgeldbescheid gibt. In der Regel gibt es für solche Sachen auch eine Rechtsschutz Zuage.