Wir sind uns doch im Kern einig: Es gilt, was im STC steht!
Und natürlich hast Du in dem Punkt Recht: Wenn das STC innerhalb eines TC weitere Einschränkungen macht, dann gelten diese Einschränkungen natürlich auch.
Hier hast Du aber nicht Recht:
Nun installiert der Halter in sein NA-Flugzeug einen Aftermarket-Turbolader über ein STC. Er hat aber weiterhin das NA-Flugzeug vom Muster gesehen. Der Autopilot ist dann eigentlich nicht mehr zulässig, in der Praxis wird der Prüfer darüber hinwegsehen.
Doch! Der AP ist ohne wenn und aber rechtlich zulässig - es sei denn, das STC enthält explizit eine Ausnahme wie "nur wenn das Flugzeug nicht durch ein anderes STC modifiziert wurde"!
Die Wechselwirkung von verschiedenen STCs zu Überprüfen obliegt dem Halter (und natürlich dem Prüfer). Es gibt keine Regel, die sagt dass man sich ähnliche Flugzeuge anschauen muss um zu mutmassen, ob die EASA evtl. der Meinung sein könnte, dass unter bestimmten Bedingungen...
Würde man etwas machen, was "eigentlich nicht zulässig ist" und der Prüfer hat nur "darüber hinweg gesehen", dann hätte das gravierende Konsequenzen. Z.B. hätte der Flieger dann keinen Versicherungsschutz mehr.
Gerade Motor-STCs würde ich bei Autopiloten als sehr unkritisch ansehen, da sie in der Regel die Flugleistungen nicht verändern (von so was "extremen" wie eine JetProp-Conversion mal abgesehen, aber da steht in den einschlägigen AP-STCs ausdrücklich drin, dass sie nicht für eine JetProp gelten).
Aerodynamik-STCs sind da viel kritischer (weil z.B. eine wohlmeindende Envelope-Protection weit vor der durch die Modifikation gesenkte Stall-Speed vor einem solchen schützen will).
Allerdings kommt es selbst da - zumindest was die legale Seite angeht - sehr auf die Details an: Wurde z.B. bei der Installation der Vortex-Generatoren das FLughandbuch geändert und die Anfluggeschewindigkeit und Landestrecken verringert, dann hat man möglicherweise ein Problem, weil die neuen Werte mit dem neuen AP und dessen Envelope-Protection nicht mehr fliegbar sind. Wurde das Handbuch nicht geändert und das Flugzeug hat auf dem Papier noch die alten Werte, dann ist das überhaupt kein Problem (ob es Sinn macht ist eine ganz andere Frage).
