Ich sehe noch zwei Punkte, die zu berücksichtigen sind:

• Beim Verkauf von Privat an die Firma ist kein Vorsteuerabzug möglich, was bedeutet, dass die Firma beim "Einkauf" die MwSt bezahlt. Beim Verkauf muss sie die erzielte MwSt aber abführen. Die Transaktion kostet die Firma also schonmal per se einfach 19%.
• Thema "Verdeckte Gewinnausschüttung" (vGA). Das kann in 2 Dimensionen wirken. Zum Einen beim Kauf des Flugzeugs durch die Firma, weil der vereinbarte Kaufpreis vom FA als zu hoch angesehen wird. Das FA könnte argumentieren, dass der Anteil des Mehrbetrags gegenüber einem Marktpreis eine vGA darstellt, die steuerpflichtig ist. Zum Anderen wird die private Rück-Charter auch kritisch betrachtet, wenn der Stundenpreis nicht mit den Kosten übereinstimmt, die man im Unternehmen dafür angesetzt hat. Rechnet man dort mit hohen Abschreibungen, muss man auch für die Rückcharter entsprechend hohe Stundensätze zahlen, sonst droht eine Steuernachberechnung als vGA.

Zu 2): Wenn du den Preis als Versicherungswert abzüglich Wiederbeschaffungsaufwand ansetzt, haben die einen konkreten Ansatz im Finanzamt, der sich geradezu aufdrängt. Den Stundenpreis musst du dann natürlich einheitlich machen, und am besten auch so, dass eine Gewinnerzielungsabsicht erkennbar wird (Ansparung Motorrücklage wäre dann nochmal eine eigene Frage...). Du wirtschaftest natürlich dann von der einen in die andere Tasche, aber transparent und nachvollziehbar bleibt es. Die Kosten kannst du ja transparent machen (Hangar, Versicherung, JNP etc.), und immer schätzen fürs Folgejahr, indem du die Stunden des Vorjahres ansetzt.

Am besten, man überträgt die Maschine in ein Niedrigsteuerland innerhalb der EU, so dass du den Gewinn dort auch voll thesaurieren kannst, ohne ins Weinen zu kommen. Und die eigenen realistisch hohen Stundensätzen werden durch die Charterpreise der Konkurrenz so realistisch am realen Markt belegt, dass du damit bei jedem Finanzrichter mit durchkommst.

Sven: gilt das mit der MWSt auch für den Einzelunternehmer? Der ist doch eine steuerliche Organschaft mit seiner GbR, denke ich zumindest als steuerlicher Laie.