Es ist leider unklar, auf was Du raus willst - soll das wieder eine ZÜP-Diskussion werden?

Zu Deinen Fragen:

1.
DIe Ausführungen insb. zu ausländischen Lizenzen ist in einigen Punkten unscharf bis falsch - ob das relevant ist, hängt davon ab, worauf Du raus willst. So "gelten" ICAO-Lizenzen nicht in Deutschland, sondern deren Inhaber darf bestimmte Rechte aus der Lizenz auch im deutschen Luftraum ausüben (aber im Vergleich zu einem Luftfahrer mit deutscher Lizenz teilweise beschränkt, z.B., nur in LfZ aus dem Ausstellungsland der Lizenz).
Die gilt auch nicht auf Grund "EU- oder völkerrechtlicher "Vorgaben"", sondern auf Grund von Verträgen, die die Bundesrepublik abgeschlossen hat.

2.
EU Verordnungen gelten - im Unterschied zu Richtlinien, Beschlüssen, Empfehlungen - unmittelbar in den Einzelstaaten.
In so fern ist, wenn Du darauf raus willst, der Verweis auf 1178/2011 in §4(1)4. LufVG vermutlich überflüssig, weil das eh gilt.

Man muss aber gerade wenn es um Konkurrenz zwischen nationalen Gesetzen und EU-Verordnungen geht die Verordnung genau lesen. So enthält z.B. 1178/2011, insb. "Part-FCL" zwar viele Anforderungen an die Erteilung einer Lizenz und den Bewerber - aber keine Verpflichtung des Einzelstaates so eine Lizenz überhaupt auszustellen.
Es steht auch nirgendwo, dass die Regeln in 1178/2011 abschliessend sind und der Einzelstaat keine darüber hinaus gehenden Anforderungen stellen darf.
Ob es im Einzelfall zulässig ist, dass ein Einzelstaat solche erweiterten Anforderungen stellt, ist eine sehr schwierige Frage, die ganze Regalmeter in juristischen Bibliotheken füllt - und in vielen Fällen im Moment nur mit "der EuGH hat noch nicht entschieden" beantwortet werden kann.
Sie ist aber wie man an einfachen Beipielen sieht auch nicht einfach mit "nein" zu beantworten: So machen die meisten zuständigen nationalen Behörden die Erteilung einer Lizenz auch von der Bezahlung anfallender Gebühren abhängig, obwohl in 1178/2011 davon nichts steht. Zumindest so lange diese Gebühren nicht unverhältnismäßig hoch sind, wird das aber kaum als Widerspruch zum EU-Recht gesehen werden.