Aber ich denke dass EU Verordungen nicht automatisch geltendes deutsches Recht sind, sondern jeweils vom Bundestag in deutsches Recht eingebaut werden müssen

Das ist nicht richtig. Die EU hat in diversen Feldern supranationale Rechtsetzungsbefugnis, unter anderem eben auch in der Luftfahrt. EU-Verordnungen (wie zum Beispiel die hier diskutierte EU-VO 965/2012) sind in den Mitgliedsstaaten unmittelbar geltendes Recht.

Anders ist es mit EU-Richtlinen - diese müssen in der Tat von den Mitgliedsstaaten in nationales Recht umgesetzt werden.

Wäre ja auch mit dem Demokratieprinzip sonst kaum echt vereinbar

Auch in der EU gibt es ein demokratisches Gesetzgebungsverfahren, an dem Kommission, Rat und Parlament beteiligt sind.

Das stimmt, Tobias... in der Tat heist es auf der EU Webseite:

"Verordnungen sind Rechtsakte, die bei Inkrafttreten automatisch und in einheitlicher Weise in allen EU-Ländern gelten, ohne dass sie in einzelstaatliches Recht umgesetzt werden müssen. Sie sind in allen ihren Teilen verbindlich und gelten unmittelbar in allen Mitgliedsländern."

Allerdings frag ich mich dann warum z.B. zur Lizenzierung, die ja in PART-FCL geregelt ist, noch ausführlich im Luftverkehrsgesetz Regelungen getroffen werden, die dann wieder auf PART-FCL verweisen. Ausserdem müsste dann ja die FSAV zur IFR Ausrüstung entweder gestrichen werden oder auch auf die EU Regelungen verweisen.

Dieses rechtliche Kuddelmuddel, das nochmal potenziert wird wenn Flugzeuge mit z.B. N Registrierung ins Spiel kommen, macht das Luftrecht tatsächlich für Leute ohne Jurastudium ziemlich unüberschaubar, weil man nicht so genau weiss was denn nun letztlich rechtsverbindlich ist.