dann wären ja alle inm Annex1 genannten Geräte nicht von der FCL betroffen

Das ist ja grundsätzlich auch so. Jedes Land kann für Annex-1-Flugzeuge eigene Regeln erlassen und beispielsweise auch nationale Lizenzen einführen.

Für Flugzeuge gibt es die in Deutschland aber nicht, deswegen hat man sich entschieden, bei uns FCL auch auf Annex1-Gerät anzuwenden. Siehe LuftPersV §3(2). Für Luftsportgeräte sieht es aber anders aus, da ist FCL nach deutscher Rechtslage komplett außen vor (LuftPersV §3(1) Pkt. 3.)