Hast Du eine Referenz in einer Vorschrift dafür, dass Luftraumhöhen barometrische Besonderheiten berücksichtigen und nicht als absolute Höhenangaben zu verstehen sind?

Klar!

GM1 Zum von Dir zitierten Artikel 2(39) sagt genau deswegen explizit:

"(b) The term ‘altitude’ indicates altimetric rather than geometric altitude."

Jetzt sind GMs natürlich streng genommen keine Vorschriften, aber es wird schwierig sein, zu argumentieren, dass dieses Wort ja doch anders gemeint sein könnte.

Und hier ist noch ein Auszug aus den Definitions der ICAO:

"Flight level (FL). A surface of constant atmospheric pressure which is related to a specific pressure datum, 1 013.2

hectopascals (hPa), and is separated from other such surfaces by specific pressure intervals.

Note I.— A pressure type altimeter calibrated in accordance with the Standard Atmosphere:

when set to a ONH altimeter setting, will indicate altitude;
when set to a QFE altimeter setting, will indicate height above the QFE reference datum; and
when set to a pressure of 1 013.2 hPa, may be used to indicate flight levels.
Note 2.— The terms "height" and "altitude", used in Note I above, indicate altimetric rather than geometric heights and altitudes."

Referenz für alle Altitudes & Flightlevels ist immer der (Baro)Höhenmesser (egal ob QNH, QFE oder STD).

Daher bin ich verpflichtet, am Boden erst den QNH zu setzen, und dann am Höhenmesser zu überprüfen, ob dieser innerhalb des Toleranzbereichs anzeigt.

Ich denke das ist eindeutig. Da war ich wohl auf dem Holzweg. Wieder was gelernt.