Ich finde Deine Herangehensweise vernünftig und vorbildlich. Zuviel Vorbereitung kann nie schaden, selbst wenn das Equipment an Bord das Fliegen später vereinfacht. Insofern würde ich an Deiner Vorgehensweise nicht viel ändern.
Ich habe die Routenplanung - mit Flymap - ähnlich gemacht, habe allerdings weniger Waypoints gesetzt. Allerdings nach dem gleichen Schema.
Längere Flüge fliege ich wenn immer möglich IFR, da ich das als stressfreier empfinde, insbesondere im Ausland.
Wenn ich mich für Sightseeing-Flüge für VFR entscheide, dann nehme ich mir trotz hoher Affinität zu Planungstools wie Rocketroute & Flymap an meine ICAO-Karte, denke mir die direkte Verbindung von Start/Ziel und verwende die möglichst nah an dieser Linie liegenden Airports (keine IFR-Plätze) unterwegs als Wegpunkte. Man sollte hier erwähnen, dass man dabei sehr auf aktiven Fallschirmsprung achten muss!
Ebenso empfinde ich es als weitsichtiges Airmenship, kurz vor Erreichen des Platzes auf die Frequenz zu gehen und den Platzfunk mit abzuhören. Das verbessert die "situational awareness" bei unkontrollierten Flügen oder überlastetem FIS. Ob das Verfahren allerdings in großen Höhen VFR Sinn macht, musst Du selbst entscheiden. Meistens ist es auf längeren Flügen aber auch zusätzlich ein ganz netter Zeitvertreib.
Die Waypoints gebe ich dann bei laufendem Motor ins G1000 an, damit der AP mich später fliegen kann. Mein Perspective-Cockpit (G1000-Äquivalent) kennt von haus aus keine Pflichtmeldepunkte aus der Datenbank. Da lohnt es sich bei längeren Streckenflügen (hier: IFR), diese mal bei Langeweile für Deutschland einzupflegen. Diese gebe ich bei Verfügbarkeit auch noch in den Flightplan ein. So bekomme ich neben dem angenehmeren AP-Handling auch gute Zeit- und Sprit-Vorhersagen.
Parallel - sozusagen als Backup - lasse ich auf meinem iPad noch die Flymap-Software mit hinterlegter ICAO-Map mitlaufen. Außerdem finde ich dort später die georeferenzierten Ab- und Anflugkarten mit Positionsangabe. Als sehr angenehm habe ich die persönlich konfigurierbare Luftraumwarnung empfunden, die mir bei spontanen Abweichungen von der geplanten Route bei der Vermeidung nicht genehmigter Lufträume hilft.
Zum Höhenprofil: Ich fliege stets so hoch wie möglich, Transponder ab Liftoff immer an. Gerne fliege ich VFR krumme Flugflächen, abweichend zur Halbkreisregel. Meine Erfahrung hat mir gezeigt, dass es die Kollegen mit dem Befolgen der richtigen VFR-Halbkreis-Höhe nicht immer allzu genau nehmen oder nicht mehr das aktuelle/nächstgelegene QNH gerastet haben. Auch hier hilft in den Deutschland oberhalb der Transition Altitude mit Standard QNH.
So, mehr kann ich zu Deinem schon sehr gründlichen Vorgehen auch nicht beitragen :-)
Viele Grüße
Jens