Die Dienstanweisungen der Lotsen richten sich nach internen Vorgaben, die vom BAF abgesegnet sind. Sie stehen parallel zum für Piloten gültigen Luftrecht.

Da steht nun leider drin, dass IFR unterhalb der MVA nicht gestattet ist, außer das Lfz befindet sich auf einer veröffentlichten Anflug- oder Abflugprozedur.

Dummer deutscher Irrweg -- seit Jahrzehnten so betoniert. Leider darf die EU/EASA der DFS nicht vorschreiben, welche Freigaben sie wann und wem zu erteilen hat. Vielleicht erleben wir das noch irgendwann, eine einheitliche europäische Flugsicherung ohne die ganzen nationalen Sonderwege, deren Begründung keiner mehr weiß.

Ich (kein Anwalt) interpretiere damit dann Stefans Aussage so, dass der Staat die Mindestflughöhe einfach mittels MVA festgelegt hat

Nicht ganz. MVA ist die Mindesthöhe einer IFR-Freigabe nach den DFS-Vorgaben. Für IFR in G gibt es prinzipiell keine Freigabe, das kann Dir die DFS weder gestatten noch verbieten. Nur benötigst Du beim Wechsel von G nach E eine Freigabe und da die MVA im Normalfall über der Untergrenze von E liegt, ist es nicht möglich nach IFR von G nach E zu steigen und umgekehrt von E nach G zu sinken. Daher müssen wir eben "lügen". So ist das gewollt. In der Praxis funktioniert es ja, die Lotsen sind meist exzellent und wissen, wie das mit Flugregelwechseln in der Praxis so läuft und dass "remaining VMC" mit gekreuzten Rudern gesprochen wird...