Muss ich jetzt trotzdem auch von einem Zollflugplatz abfliegen?

Ich kenne die österreichischen Bestimmungen nicht aber von Deutschland musst Du durch eine Personenkontrolle. Der Begriff "Zoll" ist hier komplett falsch verwendet, da Kroatien in der EU ist. Du benötigst also beim Abflug zwingend eine "grenzpolizeiliche Abfertigung".

Im Normallfall ist der Flugplatz für die die Anforderung bzw. Durchführung der Grenzkontrollen zuständig, das steht alles in der AIP.

Vielleicht sollten wir dazu mal einen Fernsehspot schalten ;-)