Okay, dann halt so:

Die BNetzA stellt die Sprechfunkzeugnisse aus (formal als Behörde im Auftrag). Die LuftPersV regelt die Voraussetzungen zur Durchführung des Flugfunks.

Ob eine Funkstelle zugelassen werden muss, regelt separat die FlugfunkV. Die BNetzA ist für die Ausstellung der Zeugnisse zuständig – nicht für deren Notwendigkeit.

Analogie:
Die Stadt/Gemeinde stellt dir den Führerschein aus. Aber die Stadt entscheidet nicht, ob man ohne Führerschein fahren darf. Das regelt die Straßenverkehrsordnung.

Ich gebs auf...