ich kann Dein Gefühl nachvollziehen, folgendes sollte man aber mit in die Überlegung einbeziehen:
Wenn Du die 1.000 Fuß Wolkenabstand (tatsächlich) eingehalten hast, würden beim Steigflug des Jet mit rund 2.000 - 3.000 Fuß/Minute vom "durch die Wolkenschicht durchstoßen" bis "auf Deiner Höhe Sein" ca. 20 - 30 Sekunden vergehen, also sicher nicht "plötzlich" auftauchen und man hätte schon Zeit, das Dir bekannte Ziel visuell zu erfassen.
Welches Heading hatten der Jet und Du? Wie groß war/wäre die vertikale Staffelung gewesen?
Letztlich wart ihr beide auf Radar als Target sichtbar und der Controller hat eine Staffelung herbeigeführt. Formal gibt es nur Verkehrsinformationen, keine Ausweichempfehlung für VFR/IFR im D (nicht CTR).
Letztlich lag da ggf. eine kleine Unaufmerksamkeit beim Controller vor, der entweder Dir ein anderes Heading oder den Release für den Tower zur Startfeigabe für den Jet später hätte geben können, oder eine Abweichung von der SID. Was er dann ja mit der vorübergehenden Steigflugbegrenzung ja getan hat. Die Frage wäre zudem, ob der Jet auf dem TCAS dann auch eine "Resolution advisory", also eine Anweisung zur Vermeidung des Konflikts, bekommen hätte.
Vielleicht war aber alles auch OK und innerhalb der Staffelungsminima, nur Dir erschien die Situation knapper als sie war?
Deswegen abzuleiten, nicht mehr VFR durch einen Luftraum mit IFR-Verkehr zu fliegen, würde ja auch bedeuten, dass man große Teile des Luftraums E meiden müsste, da auch dort kontrollierte IFR Flüge und gleichzeitig VFR stattfinden können.
Jetzt kann man natürlich weiter und formal korrekt mit "kein automatisches Vorflugrecht für IFR in VMC" etc. argumentieren. Beachten sollte man aber auch, dass nicht alles was rechtlich korrekt ist, auch sinnvoll ist. Insbesondere wenn schnellere Flugzeuge im gleichen Luftraum unterwegs sind (Ich erinnere da an Jans Artikel "Luftraumkollegen - die Jetties" aus Heft 10/2019)